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暴露本で再起をかけるお騒がせ女優クリスティーン・ラップが、何者かに命を狙われる。子役時代に彼女が出ていたドラマ「ゆかいなクーパー家」の大ファンだったモンクは、捜査を依頼されて有頂天。だが、クーパー家の末っ子ビリーを演じていたスティーブンへの取り調べで彼がクリスティーンを激しく罵っているのを目にし、さらにリーランド警部らに言われて暴露本を読みようやく目が覚める。そんな中、ファンらしき男に襲われたクリスティーンが銃で男を撃ち殺してしまう。
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モンクの家の前の交差点で、外国から出張に来ていた女性がひき逃げされ亡くなった。現場でお香をたいている夫サミュエルに同情したモンクは、ひき逃げ犯探しの協力をすることに。独自の調査でフランス料理店のオーナー、ニコルズが怪しいとにらんだ2人は厨房に入り込み情報を収集する。ニコルズと親しくしているバクストン夫妻を目撃したモンクは、2週間前に起きたバクストン夫妻の留守中に家政婦が殺害された事件と、ひき逃げの2つの事件がつながっていると気づく。
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車が故障して田舎町で立ち往生したモンクとナタリー。そこでモンクが夜空に光る円盤=UFOを目撃し、翌日にはナタリーとホテルの従業員も見たことから騒動が巻き起こり各地からUFOマニアが集結。第1接触者であるモンクの変わった言動に、マニアの間で異星人説が浮上する。その頃、UFOが着陸したと思われる場所で町の住人マージの遺体が発見される。他殺の証拠を発見したモンクは保安官、ナタリーと共に人里離れた現場の岩山へ。そこで一行は何者かに銃撃される。
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モンクに瓜二つの殺し屋フランク・デ・パルマが交通事故で死亡し、彼を追っていたFBIはモンクにデ・パルマに成りすました潜入捜査を依頼。リーランド警部らに反対されるが、モンクは殺しのターゲットと依頼人を突き止めることに。デ・パルマに成りきり彼が泊まっていたホテルに行くと、美女ローラが現れてナイトクラブへ。そこで裏社会の大物らしき男からある老人を事故に見せかけて殺して欲しいと頼まれる。ギャングと老人の接点はどこにあるのか?
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芸術家ギルデイの妻が殺された事件で、モンクは夫のアリバイ崩しに成功。裁判では連戦連勝のモンクだったが、やり手の弁護人パウエルの猛攻にたじたじとなり証言台で挙動不審に陥って、陪審員の信用を失いギルデイに無罪の評決が下される。自信を喪失したモンクは探偵を辞めると言い出す。そこへディッシャー警部補が、自動車部品店で盗みを働いた知人の青年にかけられた店主殺害の容疑を晴らして欲しいと調査を依頼。渋々現場へ出向いたモンクは意外な事実を突き止める。
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娘ジュリーがミュージカルの舞台で美声を披露し感無量のナタリー。だが、有名評論家ハニガンの酷評を新聞で読み激怒する。一方、舞台の上演中に劇場そばのホテルで女性の殺人事件が発生。現場の部屋に残っていた男性用コロンの匂いがハニガンと同じだったことから、ナタリーは新聞社社長の娘と婚約した彼が愛人の存在が邪魔になり、劇場から抜け出して殺人を犯したと推理。そのためジュリーの歌も聞いていないと主張する。始めはモンクも話半分に聞いていたが…。
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少年が打った野球ボールが頭に当たり事故死した老婦人の家から、事故より前の日付で送られてきた呪いのブードゥー人形が見つかる。ナタリーがブードゥーに過剰反応を示して怯える中、続けて2件のブードゥー人形事件が起きてナタリーはパニックに。そんな中、首が切断されることを暗示する4つ目の人形を受け取ったのはナタリーだった。リーランド警部のアドバイスでモンクはブードゥー人形を売っている尊師にお祓いを依頼するが、儀式の最中に緊急事態が発生する。
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健康保険の適用が変わり、セラピストのベル先生のグループセラピーに参加する羽目になったモンク。患者仲間の天敵ハロルドの姿もあり、また3週間前にメンバーの1人バーバラが溺死で亡くなっていたことから雰囲気は緊迫していた。そんな中、メンバーのオーギーが不審な死を遂げる。飛び降り自殺に見えたがモンクは他殺だと確信する。さらに3人目のメンバー、ロンダが漂白剤とアンモニアを混ぜた塩素ガスで死亡したことから、モンクはある男に疑惑の目を向ける。
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ビルの清掃員がゴミ圧縮機に落ちて死亡。モンクらはその夜ビルにいた弁理士メックラーに話を聞くために新製品セルフクリーニング掃除機の発表会へ行くが、会の最中にメックラーが心臓発作で死亡し、他殺の可能性が浮上する。一方、50歳の誕生日を目前に控えたモンクにナタリーが人生で初の素敵なサプライズパーティーを開くと宣言し、不意打ちが苦手なモンクは戦々恐々。さらに新製品の掃除機に夢中のモンクは掃除機が故障して事件に集中できず、発明者ブレストンのもとを訪れるが…。
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元アシスタントのシャローナが5年ぶりにモンクのもとへ。叔父ハワードがゴルフ場のゆるんだ階段を踏み外して亡くなりカントリークラブを訴えるというのだ。法外な示談金を提示されて大喜びのシャローナは、事件性があることに気づいたモンクに対して事故で通そうと主張する。これに怒ったナタリーとシャローナの関係が険悪になる中、モンクはハワードが過去に2回金持ち相手の事故で示談金を手に入れていることを突き止め、今回も同様の計画だったのではないかと疑う。
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不倫相手の芸術家アマンダと口論になり、運悪く死なせてしまったスティーブは遺体を山中へ遺棄する。1週間ほどしてアマンダの失踪が表沙汰になり警察が動き始め、モンクはアマンダの家に残されていた飼い犬シェルビーを暫定的に預かることに。最初は戸惑いながらも、すぐに無類の愛犬家へと変貌するモンク。一方、警察が呼びかけたアマンダ捜しのボランティアに参加したスティーブは彼女の元夫が疑われるよう工作するが、モンクはスティーブが第1容疑者であることを見破る。
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警察への復職審査に臨むモンク。極度に緊張するも滑り出しは良好だったが、ウィリス警部が懸念を示して結論は1週間後に延期となってしまう。3人の審査委員全員の賛同を得る必要があるため、モンクはディッシャー警部補がウィリスの息子ブライアンらをキャンプに連れていくと聞き、息子にアピールして父親の印象を良くするべく苦手なアウトドアに参加する。だが、反抗期の少年は手に負えない。さらにキャンプ場所には現金輸送車を襲った殺人犯の証拠が残っており…。
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リーランド警部から結婚式で付添人を頼まれ、預かった婚約指輪を肌身離さず握りしめて有頂天のモンク。婚約者T.K.の付添人ステファニーは、スピード違反で逮捕されるもリーランドのはからいで釈放される。そんな中、公園で焼死体が発見され、さらに何者かがリーランドの家を荒らすなど不穏な事件が続き、刑事の妻になることに不安を覚えるT.K.。一方、焼死体の身元が結婚式の花を注文した花屋の従業員の男性だと判明したことから、モンクは意外な容疑者へとたどりつく。
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12年間待ち望んだ職場復帰がついにかなったモンク。だが、ヒラの刑事と組んで住民の通報に応対する日々に失望感を覚える。そんな中、5人を殺した連続殺人犯逮捕につながる情報を提供し、多額の報奨金を得たアルバノフという男の証言に矛盾があることを指摘するが、一介の刑事モンクの言葉に誰も耳をかさない。間もなく交通係の巡査が撃ち殺される事件が発生。現場のようすから、巡査が実は賄賂を受け取りにきて殺されたと推理したモンクは、警察内で孤立してしまう。