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サンフランシスコ市警の元名刑事で、現在は犯罪コンサルタントとして活躍しているエイドリアン・モンク。リーランド警部の依頼で、亡き妻トゥルーディの母校で転落死した教師ベスの調査に当たる。ベスは化学教師フィルビーと不倫関係にあり、モンクはフィルビーが殺害したと確信するが、彼には完璧なアリバイがあった。モンクが代理教師として学校へ入りこみ捜査を続ける中、第2の不審死が発生。モンクは2件ともフィルビーの犯行だと考えるが…。
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休暇中に訪れたメキシコでスカイダイビングを無料体験したアメリカ人学生チップが、地面に激突。しかし、検死結果は溺死だった。チップの父親が友人のサンフランシスコ市長に相談したことから、モンクが現地に派遣される。事件の鍵を握る人物を探しに来たホテルで、手がかりを得るモンクとシャローナ。だが、酒豪のシャローナは学生たちと羽目を外してしまい、モンクは単独で捜査を続行。翌日、二日酔いのシャローナのもとに思わぬ訃報が舞い込む。
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GPSナビゲーションへの入力先とは違う、見知らぬ工場団地駐車場に誘導された大富豪ローレンスと妻エリン。そこでエリンは銃弾4発を撃ち込まれ、ローレンスも1発撃たれ、「具はチリ・エビ15枚のピザ」という謎の言葉を残して息絶える。遺体発見時、車にカーナビはなかった。警察はローレンスを狙った犯行だと主張するが、モンクは妻が標的だと断言。彼女がプロ野球のスター選手スコットと不倫関係にあったことを突き止め、彼に会いに行くが…。
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レストランのオープンテラスで食事をしていたセルゲイが、建物の避難ハシゴから飛び降りてきた人物に撃たれて死亡。犯人はテーブルに飛び乗り、派手な宙返りをして逃げ去る。被害者がサーカス団員だったことから、モンクらは町へ来ているサーカスへ事情聴取に向かう。セルゲイが殺害された際同席していた女性は、犯人は彼の嫉妬深い元妻で軽業師のナターシャだと告げる。モンクはナターシャが犯人だとにらむが、2週間前に骨折した彼女に犯行は不可能だった。
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老人ホームで暮らしていた男性長寿世界一のホリングが、115歳の誕生日直前に死ぬ。以前、彼を取材したことがあるドキュメンタリー映画監督の妻カレンに、他殺だから調べて欲しいと頼まれたリーランド警部は、渋々モンクを現場に派遣する。意に反して他殺説を支持するモンク。遺体を掘り起こして検死解剖すると、死因は窒息死だった。この件で妻と喧嘩した警部は、モンクの家に転がり込むことに。一方、モンクは過去の映像にヒントを見出す。
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シャローナはモンクを連れて、妹で女優のゲイルの舞台を観に来ていた。だが、劇中でゲイルが相手俳優ハルをナイフで刺す場面で、倒れたままのハルは目撃者300人の観客の前で死亡が確認される。最近、交際していたハルに振られたゲイルは、殺人容疑者として拘束されてしまう。娘の芝居を観ようとフロリダからやって来たシャローナ姉妹の母親から、捜査の依頼を受けたモンクは、ゲイルの代役として準備万端の様子で張り切るジェナに違和感を覚える。
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毎週カウンセリングに通っている精神科医クローガー先生が、休暇のため3週間も不在となり、モンクはパニックに陥る。そんな中、莫大な遺産相続をめぐり兄ブライアン、弟リッキーと法廷で争っていたアマンダが小包爆弾で殺害される。ブライアンは4ヵ月前から自動車事故で昏睡状態のためリッキーが容疑者となるが、モンクはある理由から犯人はブライアンだと断言する。一方、シャローナの元夫でベンジーの父トレバーが突然、姿を現す。
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派手な生活を送る雑誌サファイアの編集長デクスター。実際には赤字続きで、ついに発行人デスーザに廃刊を通告される。翌日、密室のプライベートジムで、死体で発見されたデスーザ。事故死と判断されるが、アシスタントのルーデンは納得できず、モンクに捜査を依頼する。デクスターの自宅兼オフィスへ出向いたモンクは、美女をはべらせ傲慢な態度を取る彼が犯人だと確信するが、デクスターは“あるもの”を持ちだし、捜査から手を引くように恐喝する。
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来年の市長選挙の最有力候補と言われているケニーと交際中のシャローナ。警察関係者らは、みんなシャローナのご機嫌取りに忙しい。一方、この2週間で9件もの猟奇的な殺人事件が発生しており、リーランド警部はモンクに協力を求める。被害者に共通点はなく殺害方法も異なっていたが、間もなく10件目の殺人が起き、そこからモンクは容疑者を割り出すことに成功する。だが、張り込み中のモンクの目の前で容疑者が刺殺されてしまう。
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早朝、モンクの家に新聞配達に来た少年が何者かに突き飛ばされて死亡する。その場にいた別の少年の証言から、犯人は新聞を盗んでいたことが発覚。だが、モンクは犯人の目的は自分に新聞を読ませないことだと推理し、その日の新聞を全て買い集めて記事をチェックするが、謎は深まるばかり。一方、モンクの自宅の上階に住むケビンは、突然美人の婚約者ができて上機嫌。最初は適当に受け流すモンクだったが、二人の出会いのエピソードからある疑惑が生じる。
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7年ぶりに、モンクの兄アンブローズから連絡が入る。モンクは愛妻トゥルーディが死んだ際に、兄が電話1本寄こさなかったことを許せずにいたが、シャローナに説得されて兄が住む実家へ向かう。広場恐怖症で32年間家から出たことがないアンブローズ。彼がモンクを呼んだ理由は、隣人の妻が夫に殺害されたから調査して欲しいというものだった。最初は信じないモンクだったが、隣家の庭に証拠を見つけ、さらに夫の行動にも不審を抱き捜査を開始する。
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人気ドラマの主演スター、ブラッドは暴行事件を起こし、マスコミから逃れるために前妻で女優スーザンの家に身を潜めていた。だが、外にはマスコミが詰めかけており玄関口で質問攻めにされる中、スーザンの悲鳴が聞こえる。ブラッドが駆けつけると彼女は既に殺されていた。シャローナやリーランド警部らは気さくなブラッドの人柄に好感を抱き、事件に同情する。だが、モンクだけはブラッドには金銭をめぐる元妻殺害の動機があるとにらむ。
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弁護士を目指す学生ジュリーと2人暮らしの祖母が、自宅から座っていた椅子ごと何者かに誘拐される。ジュリーはモンクの職場復帰を早めるための“秘策”を報酬として、事件の捜査を依頼する。その後、誘拐犯から一風変わった要求があり、結果的に祖母は無事に解放された。だが、犯人は見つからず、気になるモンクは1人で犯人探しを続けるうちに、以前ジュリーが作った迷子になった飼い猫を探すためのチラシを見て、犯人の意外な目的に気づく。
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リーランド警部の妻でドキュメンタリー映画監督のカレンが、反対車線を走る車に猛スピードで衝突されて意識不明の重体に。加害者の運転手が何者かに狙撃されて、車がスピンしたことが原因だった。犯人への怒りに震える警部の姿に、モンクは他人事とは思えず、事件の調査に乗り出す。一方、事件現場で首輪をした犬を保護し、首輪に記された飼い主のもとへ犬を返しに行くモンクとシャローナ。その直後に2度目の銃撃事件が発生する。