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ショッピングモールの駐車場で警備員の射殺体が発見される。元名刑事で、現在は犯罪コンサルタントとして活躍するエイドリアン・モンクは、いつも通りに名推理を発揮しようとするが犬のフンが気になり集中できない。そこへ私立探偵マーティが現れ、次々と推理を的中させる。リーランド警部から今回はマーティを起用すると言われて、落ち込むモンク。だが、モンクはマーティのズルを見破ることに成功する。その意外なトリックとは!?
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スーパーの駐車場で現金輸送車のドライバーが射殺される事件が発生。そこへ弟アンブローズから、長年音信不通だった父親が会いに来ると知らされたモンクは、ナタリーと娘ジュリーと共にアンブローズが住む実家へ。折しもハロウィンの夜。フランケンシュタインのマスクをかぶった男が、なぜかアンブローズが子供たちのために用意したチョコバーを奪って逃げる珍事件に出くわす。推理を進めるうちに、モンクは射殺事件とチョコバーの関連性に気づく。
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女性判事が行方不明になった。リーランド警部と部下ディッシャーは判事に不倫相手がいたことを突き止めるが捜査は行き詰まり、風邪をひいて寝込んでいるモンクのもとに押し掛けて犯人像の推理をあおぐ。モンクは判事の恋人は既婚者ではなく独身で、極秘にしていたのは仕事の利害が相反する弁護士だったからではないかという。一方、ピザ配達の青年の他殺死体の第一発見者となったナタリー。警察がこの事件を軽んじていることに憤り、自ら捜査に乗り出す。
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投資コンサルタントのウォーレン・ケンプが、地下駐車場で何者かに右手を折られる。犯人はその直前に駐車係を殺していたのに、なぜウォーレンは殺さなかったのか?潜入捜査を頼まれたモンクは、同僚がいる職場に憧れを抱き喜んで社員のフリをして潜入捜査を開始する。思ったより会社に馴染めている自分に、有頂天になるモンク。一方、今回の事件はボーリング命の社員チルトンが、社内ボーリング大会で優勝するための犯行ではないかと推理する。
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亡き妻トゥルーディと新婚旅行できたぶどう園の中にあるペンションで、ひとり寂しく結婚記念日を祝うモンク。夕食の席でワインを一口飲んだだけで二日酔いになったモンクは、昨日一方的に話しかけられたラリー・ツワイベルという宿泊客の存在が跡形もなくなっていることに驚く。昨夜、彼とポーカーをしていた客も全員がそんな人はいなかったという。モンクは酔って幻覚を見たのか?そこへ彼の写真を持つ男が現れツワイベルの正体が判明するが…。
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殺害された妻トゥルーディの死から、ついに立ち直る兆しを見せるモンク。セラピーに通うクローガー先生もリーランド警部も喜ぶ一方、ナタリーはトゥルーディにそっくりな女性を見かけて尾行し、彼女が夫を守るために死を偽装したことを知り愕然とする。翌日、ザック・エリンハウスという男が遺体で発見される。彼の娘はトゥルーディの元同僚で、犯罪現場でトゥルーディの痕跡を発見したモンクはナタリーの告白を聞き、極度の混乱状態に陥ってしまう。
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実は大会社の令嬢で両親とは不仲のナタリーは、3週間前に出会った女性とスピード結婚することになった弟の結婚式に出席することに。式前夜の夕食会の同伴者としてディッシャーを連れて、高級リゾート地のホテルへ向かう。だが、到着するなりディッシャーは何者かに命を狙われ車に轢かれてしまう。リーランド警部と合流したモンクは夕食会に出席する中、花嫁のテレサの発言に不信感を抱く。そこへホテルのスパで男の遺体が発見されたという連絡が。
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中学2年生の時の片想いの相手シェリーから、彼女が留守中に何者かが侵入し、家政婦が殺された事件の捜査を依頼される。現場の状況から、モンクは犯人が一般的な価値はないシェリーの曾祖母の肖像に落書きをするための犯行だと推理するが、狙いがわからない。モンクは離婚して頼る人がいないシェリーのために張り切るが、絵画修復を依頼しに訪れた美術館で再会した同級生ジミーとシェリーが意気投合。がっかりするモンクだが美術館の外で犯人像のヒントを得る。
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サンフランシスコ市警恒例のクリスマスパーティで、事前にクジ引きで決められた相手とのプレゼント交換が行われる。リーランド警部はチェースン刑事のために用意したプレゼントをなぜか紛失し、車体修理工場から贈られたワインを急遽ラッピングして渡す。ところがワインを飲んだ直後にチェースンが死亡。リーランドの身代わりになったようだ。容疑者としてリーランドが射殺した銀行強盗の兄弟フランクが浮上し、モンクは捜査を進めるが…。
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検品係8番が品質検査を行ったシャツに絶対的な信頼を置いていたモンク。たが、仕事にミスが多く8番の身に何か起きたと考え、ナタリーと共に8番ことマリア・オルティスを訪ねると、息子パブロがモデル殺しで終身刑になり仕事が手につかない状態だった。ナタリーに促されパブロに面会したモンクは、DNAという動かぬ証拠があるものの冤罪を疑う。捜査を開始したモンクはモデル仲間のナターシャに話を聞くが、その夜、彼女は大量の睡眠薬を飲み死亡する。
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殺害された妻トゥルーディの情報を持つ男と落ち合うが、情報はガセで男に後頭部を殴られ賞金を奪われるモンク。見知らぬ町で意識が戻ると、記憶喪失に陥っていた! 町のはみ出し者コーラは、途方に暮れるモンクに自分の夫だと嘘を吹き込み家へ連れて帰る。記憶は失っても恐怖症は変わらないモンク。食堂のウェイトレス、デビーの失踪事件で能力を発揮し、保安官に認められて捜査に加わることに。その頃、ナタリーはモンクの行方を必死に探していた。
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ドラッグディーラー、チクレットの殺害の一部始終を目撃していたホームレスのジェラルド。彼の通報のおかげで現場の保存状態は完璧だったが、新入り警官シャーキーがリーランド警部の妻カレンとの不倫をほのめかしたため、リーランドが殴りかかり証拠を汚染してしまう。事件から外され、「怒り抑制セラピー」に通わされるリーランドはモンクに妻の尾行を依頼する。一方、姿を消していたジェラルドが何者かに命を狙われ警察が身柄を確保。容疑者の面通しをするが…。
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市警からモンクへの仕事の依頼がなく、家計は火の車。ナタリーに言われてモンクが賃上げ交渉に行くと、ディッシャー警部補はダイヤ強奪事件のあった美術館の警備員を取り調べていた。そのダイヤに100万ドルの懸賞金がかけられたことを知ったナタリーは、モンクを説得して調査を開始。モンクの手柄を横取りしようとするへんてこな探偵たちに付け回される中、モンクは手がかりからある瞑想センターへたどり着く。そこでは犯人の一人と目される男が毒殺されていた。
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元ラスベガスのショーガール、ジョアンが自宅で首を吊り死んでいた。近々自伝を出す予定だった彼女の家からはパソコンがなくなっており、リーランド警部は他殺を疑う。モンクはジョアンが最後に電話をかけた相手で宇宙飛行士のワグナーが犯人だと推論するが、彼は殺害時に宇宙にいたというアリバイが。だが、ジョアンが自伝で元カレであるワグナーの暴力行為を暴露するつもりだったことを突き止めたモンクは、上院議員選出馬が噂されるワグナー犯人説を主張する。