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サンフランシスコ市警の名刑事だったモンクは、ある事件以来、極度の神経症のため３年間の休職を余儀なくされながらも、犯罪コンサルタントとして怪事件の解決に貢献していた。ある日、若い女性の殺人事件を捜査中に、目下話題の市長候補暗殺事件との関連を発見したモンクは、看護師兼アシスタントのシャローナと捜査を開始する。
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元市警察本部長アシュコムの夫人が行方不明になった。翌朝、自称超能力者のドリー・フリントが、崖の下に車ごと落ちている夫人の死体を発見し、通報してきた。ドリーは夫人の霊が自分を現場に呼び寄せたと主張するが、モンクは腑に落ちない。やがてモンクはアシュコムが犯人だと確信するが、一体なぜドリーが第一目撃者に選ばれ、そして何のために夫人は殺されたのか？
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ラビニオ判事が撲殺死体で発見された。その被害者の緊急通報で犯人も判明している。しかしそれは不可能殺人事件。犯人は体重400kgを超える巨漢の大富豪デール・バイダーベックで、ベッドから起き上がることもできず、殺人を犯せるはずがないと、付き添いのベッツァ医師も証言していたのだ。困り果てたリーランド警部はモンクに助けを求める。
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厳しい性格のカーク警部補が殺人犯として逮捕された。カークはリーランド警部の古くからの仲間で、過去に傷害を起こしたと訴えられたことがある警察官だった。警部はカークの疑いを晴らそうと、モンクに事件の真犯人を探し出したら復職を推薦するとの条件を出した。真犯人は他にいるのか？ モンクは復帰できるのか？
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モンクが不法家宅侵入罪で逮捕された。記憶が誤り、昔、妻トゥルーディが住んでいた家で、彼女の好物を料理しようとしたからだ。逮捕されたモンクは2日間精神病院での入院が義務付けられる。その精神病院では4年前、医師が殺害されたが、事件は未解決のままだった。院長のモリスはモンクに捜査でのストレスが精神状態に負担をきたしていると、捜査禁止を言い渡す。
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ソフトウェアの創始者で億万長者のシドニー・ティールが元警官アーチーに撃たれて殺された。アーチーはティールが強盗しようとしたので正当防衛で撃ったと主張し、目撃証言も一致する。モンクは億万長者が強盗になることが腑に落ちず独自の捜査を開始しようとするが、給料の支払い問題でシャローナとけんかになってしまう。シャローナなしでは捜査もできず、自宅にこもったモンクはトゥルーディの事件の新しい手がかりを見つけるが…。
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ブラット弁護士と秘書のレジーナがオフィスで殺害された。仕事でもめていた依頼人グレイソンに疑惑がかかるが、彼も殺され、彼の隣人で過去2年以上も不仲だった金髪美人のモニカ・ウォーターズに嫌疑がかかる。モンクは妻似のモニカに惹かれて疑惑を晴らそうと必死になる。
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高層マンションの２１階から若い女性タレント、グエン・ザレスキーが転落し、死亡した。その後の検死で、彼女はまず絞め殺され、それからバルコニーの外へ投げ捨てられたことが判明。モンクは不倫相手のトレヴァー・マクダウェルの仕業だと怪しむが、マクダウェルはマラソン大会に参加しており、すべてのチェックポイントで通過した記録がアリバイとして残っていた。
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モンクは休暇でシャローナ＆ベンジー親子とビーチリゾートへ行く。そこで偶然ベンジーが殺人事件を目撃する。大人たちはベンジーの証言を信じないが、モンクはベンジーと共に捜査を開始する。遂にモンクは殺人事件を確信し、その動機や方法を説くが、しかし肝心の証拠となる死体がどんなに探しても見つからない。このまま事件は起きなかったことにされてしまうのか？
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資産家が地震で亡くなった。だがモンクは妻が事故に見せかけて殺した殺人事件だと主張する。地震が原因で自宅に戻れなくなったシャローナ親子とモンクはシャローナの妹ゲイルの家へ。そこに新たな殺人事件が起こる。モンクは実行犯をつきとめるが、再び地震が起こる。その頃シャローナには危機が迫っていた…。
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モンクとトゥルーディが大ファンだったカントリー・シンガーのウィリー・ネルソンがマネージャー殺しの容疑者として逮捕される。事件の直前に言い争っていたのをスタッフが目撃しており、さらに事件現場に居合わせた盲目の中年女性ウェンディ・マースも彼が犯人だと断言する。しかしモンクは、別の犯人がいると信じ、捜査を開始する。
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シャローナに騙され、ニューアーク行きの飛行機に乗る羽目になったモンクは大パニック。そんな中、乗客の1人が死体で見つかる。モンクは、この殺人が他の殺人を隠すための事件だと見破るが、パリへの乗り継ぎ飛行機が飛び立つまでに事件を証明しなければ、犯人は国外逃亡に成功してしまう。モンクは高度の恐怖を克服して、２つの殺人を見事証明できるのか？
