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モンクのセラピストのクローガー先生が心臓発作で急死。ナタリーが新しいセラピストを探す中、近所のピアノの音に我慢ができないモンクは捜査で訪れた一軒家を購入する。専属看護師ドレークによれば、その家の持ち主だった老人ムーディーは新しい薬のせいで意識が混乱し階段から転落死したらしい。モンクは金物屋で声をかけられた便利屋ジェイクに新居の設備の劣化を指摘され、家中をリフォームする羽目に。その際、モンクはムーディーが他殺である証拠を見つけるが…。
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IQ180の天才でチェスの国際グランドマスターであるクロスターの妻リンダが、夫の不在中に急死。直前にリンダは夫から毎日「痕跡を残さず近々殺す」と脅されており、自分の死後に夫を必ず逮捕して欲しいとモンクに依頼していた。「毒入りポーン」というチェスのワザから毒殺を疑うが現場に証拠はなく、遺体の毒物検査を行おうとするがクロスターは既に火葬してしまっていた。捜査に躍起になるモンク。常に先手を行くクロスターを追いつめることができるのか?
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地元テレビ局放送の宝くじ抽選会を進行するロト・ガールが、局の駐車場で刺殺される。ひょんなことからナタリーが週3回同番組に出演することになり、一躍地元の有名人になりモンクは面白くない。セレブ扱いされて大物気取りのナタリーは、音声担当ビリーがクビになるきっかけを作ってしまうが、実はビリーは宝くじの抽選マシーンに細工をしてある不正を行う計画を実行していた。やがて第2の殺人が起きる中、リーランド警部が宝くじで大当たりするが…。
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5年前の防衛戦で敗戦した元世界ヘビー級チャンピオンのプロボクサー、レジスが、チャンピオンに返り咲くための試合を数日後に控える中、命をねらわれる。警察が殺し屋アイスマンが、CMにも出演する予定のレジスを8月末までに殺せと命じられているという情報を得る中、モンクは5年前のタイトル戦に秘密があることを見抜く。一方、警察の規則でコンサルタントにも体力検定合格が義務づけられたことから、モンクはレジスの協力を得て嫌々トレーニングを開始する。
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海軍の潜水艦USSシアトルの副長が、航行中に銃で自殺する。友人オルブライト大尉は他殺を疑い、ナタリーの亡き夫と友人だったことからモンクに調査を依頼する。ナタリーは嫌がるモンクを説得して停泊中の潜水艦に乗り込むが、突然緊急訓練が始まり潜水艦は海へ。数日間は陸に戻れないと知ったモンクはパニックに陥るが、新しいセラピストのベル先生の幻影と会話することで何とか正気を保つ。捜査を進めるうちに、あるトリックに気づいたモンクは艦長に疑惑の目を向ける。
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タクシー運転手が殺害され、現場の遺留品から、戦渦の故国ゼメニアからの難民支援をしているレイラという女性が容疑者として浮上する。だが、モンクは一目見て彼女が犯人ではないと断言。レイラに身の潔白を証明して欲しいと依頼され、報酬なしで引き受ける。珍しくレイラに心を開き自然と打ち解けていくうちに、モンクは彼女の故国での悲しい生い立ちを知るが、それが動機につながり逮捕令状が出てしまう。モンクは必死でレイラをかばおうとするが…。
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美しく若い女性が絞め殺される連続殺人事件が発生。モンクにとって100件目の事件になることに目を付けたテレビ局が捜査に密着してドキュメント番組を制作する。捜査は難航するが、3人目の被害者が出たところでモンクが大きな手がかりを発見。4人目の被害者が出てしまうが事件は無事解決する。だが、番組のホストであるノバックの家で警察関係者が集まり鑑賞会が開かれる中、モンクはいまだ解決されていない何かがこの事件に隠されていることに気づく。
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不動産王アーロンの妻サリーが行方不明になり、離婚が泥沼化していたことから夫が容疑者として浮上する。一方、患者仲間のハロルドが催眠療法で劇的な変化と遂げたのを見て同じ先生の治療を受けたモンクは、小学生レベルの精神年齢に退行してしまう。アーロンが部下と不倫関係にあることを鋭く見抜く一方で、子供っぽい言動で周囲を唖然とさせるモンク。やがて失踪から3日後に警察に保護されたサリーは、自分を監禁していた夫を殴り殺して逃げてきたと証言する。
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事故死と判断された仲間の死を調べて欲しいと、3人のホームレスがモンクのもとへ。渋々依頼を引き受けたモンクが現場で他殺の証拠を発見したことから、警察も再捜査を開始。だが、腰痛を悪化させていたリーランド警部は、玄関のドアにあったお告げにより近くの修道院で病を治すと評判の噴水の“聖なる水”を飲んで奇跡を体験し、修道士となるべく警察を辞めてしまう。一方、モンクはホームレスから調査費用替わりに渡された空き瓶から意外な事実にたどりつく。
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刑務所のソーシャルワーカーだった女性リンゼー・ビショップが殺害され大規模な捜査網が敷かれる中、脱獄犯ジャック・Jr.がモンクの前に現れる。実は彼は初対面の弟だったことが判明し、モンクはジャック・Jr.の殺人容疑をはらすために捜査に乗り出す。犯行現場を見て犯人は別にいると確信するが、嘘を重ねるジャック・Jr.にモンクはうんざり顔。やがて殺されたリンゼーの家を見に行ったモンクは彼女が不倫をしていたと推測し、不倫相手に疑惑の目を向ける。
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親切心から自転車泥棒を助けてしまったナタリーは、持ち主ベリーに責任を感じてモンクに自転車泥棒探しへの協力を説得する。泥棒はジョン・クラモトという若者で彼の家を訪れると、家の中から突然銃声が聞こえ、モンクは左太腿に被弾。車椅子での生活を余儀なくされる。一方、警察の捜査でクラモトが大金で自転車泥棒の依頼を受けていた事実が発覚。ベリーは遺伝子操作による早期発芽トウモロコシを開発しており、自転車は環境保護団体から贈られたものだというが…。
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隣人キーズが叩くドラムの音に困っていた老婦人マージのために、一肌脱いだモンク。珍しくマージと打ち解け、自分の全てを受け入れてくれる彼女に大きな安らぎを覚えていく。その頃、宝石店で起きた強盗事件の容疑者としてキーズが浮上するが、犯行時刻にマージがドラムの音がうるさいという苦情の電話をかけていたことからアリバイが成立。モンクは自分に近づいてきた人間に下心があったという悲しい過去から、マージが事件に関係しているのではと疑い始める。
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過去に事件を解決した有名スポーツキャスターのはからいで、アメフトのプレーオフ決勝戦を特等席で観られることになったモンク。気乗りしないながらも大はしゃぎのリーランド警部を誘ってスタジアムへ。熱烈なファンでごった返す駐車場でキックオフ直前にバーベキューグリルが炎上し、事件性を感じたモンクは苛立つ警部をよそに現場チェックを開始する。始めはグリルの持ち主チェットを狙った犯行と疑うが、やがてモンクは意外な形である人物の死体を発見する。
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中学時代のトイレの便器に顔を突っ込まれる「お流し」といういじめが、今もトラウマになっているモンク。当のいじめっ子、ロデリックから電話があり、妻マリリンの浮気調査を依頼され、仕事を引き受けたモンクは浮気現場を押さえようとする。調査が難航する中、マリリンの浮気相手フェンデルが刺殺され、モンクから相手の名前と宿泊しているホテルの情報を得ていたロデリックが第1容疑者として浮上。ロデリックは妻と一緒にいたとアリバイを主張するが…。